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NEURONシミュレータ

1 :研究男:02/08/13 04:09
http://neuron.duke.edu/
↑このサイトにあるシミュレータソフト
使ってる人いる???
なんか微妙に不具合あったりするんだけど
解かる人いたら
ちょこちょこって
ご意見して。

283 :名無しさん@5周年:2005/11/01(火) 03:22:22
Forum: mknrndllでエラーです助けて!
>コーディングミスですた。
別にここまではいいとして、
TED>Everybody does that kind of thing.
TED>In fact I just did it yesterday on two separate occasions myself.
ナイスフォーロー…なのか?
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=195

284 :名無しさん@5周年:2005/11/03(木) 03:15:12
いろいろうまくいかないと
投げ出したくなる
今の俺がまさにそう

285 :名無しさん@5周年:2005/11/03(木) 07:19:28
>>284
誰でもそんなものだよ。
実際、僕は昨日やらなきゃいけない2つの事を投げ出したくなったよ。

286 :名無しさん@5周年:2005/11/03(木) 12:24:53
>>285
ナイスフォーロー…なのか?

287 :名無しさん@5周年:2005/11/03(木) 21:46:29
>>284
困ったら他人に相談、これ基本。
自分で解決できるのも能力、他人にうまく相談できるのも能力、おわかり?

288 :名無しさん@5周年:2005/11/04(金) 12:34:51
またまた質問させて下さい
http://www.neuron.yale.edu/ftp/neuron/contrib/obidos_tutorials/
のexampleの9なんですがrecファイルとは何でしょうか?
これを読み込むとISIヒストグラムが出るのは分かるんですが
中身と使いどころがわかりません

289 :名無しさん@5周年:2005/11/04(金) 16:33:52
複素ニューラルネットワークって実数とくらべてなにがいいんですか?


290 :名無しさん@5周年:2005/11/04(金) 19:41:55
>>288
>recファイルとは何でしょうか?
ISIという言葉知っていてその質問でるのはおかしいぞ。
>中身と使いどころがわかりません
統計・確率のお勉強しなされ。

>>258で書いているように、知る必要無いことならソース読むのヤメレ(時間の無駄だから
それがどうしても必要ならそれに関する知識を得えてからソース読んでください。
そしてその知識に関することはNEURONネタじゃないぞ、周りに聞けるひとが居るのでは?

>>289
ニューラルネットはあっちいけ
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/sim/1015733653/l50

291 :名無しさん@5周年:2005/11/04(金) 22:12:15
だんだん荒れて来たな
まぁそんな時期と言えばそうなのだが

292 :名無しさん@5周年:2005/11/05(土) 03:16:01
先輩に、頭悪いくせに熱心でうざい、と言われた。
ただいまやけ酒中。

293 :名無しさん@5周年:2005/11/05(土) 23:43:57
>>292
後輩に言われたんじゃなければいいんじゃねーの。
改善する気があるなら、先輩の年齢までに直せばいいこった。

>>291
手の空いている院生でサポート態勢
最近の子はなかなか質問してこないからとにかく絡むべし。
プログラム苦手な子にはテンプレ提供、ほどよい達成感与えて投げないように制御。
(だって土壇場で尻拭いさせられるの漏れたち院生じゃん、早期対策・早期解決で

294 :名無しさん@5周年:2005/11/08(火) 05:42:02
CVAPPの話って触れてなかったんだな。
http://www.compneuro.org/CDROM/docs/cvapp.html
…説明しようと思ったけど、面倒だからやめた。
jar配ってるのにmanifestなんで作ってないの?意味わからんしむかつく。

295 :名無しさん@5周年:2005/11/10(木) 15:41:32
そういえばhocって何でしょうか?
馬鹿な質問だったらごめんなさい

296 :名無しさん@5周年:2005/11/10(木) 18:02:58
自己解決しました
high order calculator
でhocなんですね

297 :名無しさん@5周年:2005/11/11(金) 10:31:48
誘われたって、逝きたくないわよ、SFN(字余り

>>296
一応>>76で既出

298 :名無しさん@5周年:2005/11/15(火) 07:17:03
Forum: windows用のhoc、modエディター
>MS-Wordでコーディング(w
僕はwindowsでMeadow(http://www.meadowy.org/meadow/)使いでつ

299 :名無しさん@5周年:2005/11/15(火) 07:22:57
>>298
https://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=148

300 :名無しさん@5周年:2005/11/15(火) 15:13:19
modlunitが使えない場合は皆さんどうしてるんでしょうか

301 :名無しさん@5周年:2005/11/16(水) 00:15:30
>>300
使えないとはどういう状態?エラー?

302 :名無しさん@5周年:2005/11/17(木) 13:40:38
>>301
エラーを返さないんですが
moddllを読み込む時に
oc>loading membrane mechanisms from ./123456/nrnmech.dll
Undefined symbol _random referenced from ./123456/nrnmech.dll
Undefined symbol _srandom referenced from ./123456/nrnmech.dll
Undefined symbol _exit referenced from ./123456/nrnmech.dll
というエラーが出るとです


303 :名無しさん@5周年:2005/11/18(金) 12:25:52
>>302
modlunitはmodファイルのチェックプログラム
moddllを読むのではないぜよ

304 :名無しさん@5周年:2005/11/22(火) 04:42:22
>>210
やっとこさ.NET Framework 2.0正式版公開
で、使ってる香具師いる?

305 :名無しさん@5周年:2005/11/24(木) 03:27:31
ペタッとな
CellDesigner(modeling tool of biochemical networks)
http://www.systems-biology.org/index.html
日本製2003年より現在もアクティブ
データベースとの連係も良さそうで生き残れるのではないか、と。
外見はworkbenchなcatacomb風
http://askja.bu.edu/catacomb/unstable/

306 :名無しさん@5周年:2005/11/24(木) 03:44:15
>>305
で、そのシミュレータのサポート言語がSBMLで
モデルデータベースはhttp://www.ebi.ac.uk/biomodels/
ぉ便利っぽ

307 :名無しさん@5周年:2005/11/24(木) 06:13:13
>>305-306
SBMLがRFCになっててチョビッタ
http://rfc-jp.nic.ad.jp/cgi-bin/direct.cgi?keyword=3823&language=eng&x=16&y=11

308 :名無しさん@5周年:2005/11/29(火) 19:52:22
>>305-307
それを出すならcellMLだってあるじゃない?
http://www.cellml.org/examples/repository/index.html
でもこーゆーDBって好きじゃないな、paperのシミュがパパパっと再現できるNEURON萌。
つーかNEURON,GENESIS共有DBツールneuroML+channelDBとか氏んでるしなー
…GENESISも氏んでると思うけどな。

309 :名無しさん@5周年:2005/12/01(木) 01:18:58
The NEURON Book
NEURONの純正なテキスト(Nicholas T. Carnevale & Michael L. Hines)
http://www.cambridge.org/us/catalogue/catalogue.asp?isbn=0521843219

310 :名無しさん@5周年:2005/12/09(金) 06:07:18
hoc: regular expression(正規表現)
is系コマンドの正規表現の書式
しかし、ismembraneとかforsecとかの表現の仕方はまた別で統一性がない。
マニュアルに出てくるregexp(正規表現)の説明はたぶんここかな?
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/refman/nrnoc.html

*(アスタリスク)はワイルドカードじゃないんだよ

311 :名無しさん@5周年:2005/12/17(土) 13:34:51
hoc: ファイルオープン関数 load_fileとxopen
xopen("filename")は読み直しオープン
load_file("filename")は一度だけオープン
でも引数加えてload_file(1,"filename")は読み直しオープン
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/general/function/ocfunc.html#load_file

312 :名無しさん@5周年:2005/12/20(火) 02:04:13
L-neuronのデータベースにswcがいっぱい落ちてたYO
http://krasnow.gmu.edu/L-Neuron/L-Neuron/database/index.html

313 :名無しさん@5周年:2006/01/14(土) 02:12:43
http://www.ncbs.res.in/~bhalla/kkit/
へぇGENESIS単体の更新はしてなくてもツールは進化してるんだな

314 :名無しさん@5周年:2006/01/27(金) 03:22:12
314get

315 :名無しさん@5周年:2006/02/07(火) 01:18:39
sunへのインストール問題
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=105

setenv CFLAGS "-g"
setenv CXXFLAGS "-g"
setenv LD_LIBRARY_PATH "${HOME}/neuron/nrn/hostcpu/lib"
で回避できたけど、コンパイラの最適化無しなのねぇ

316 :超久しぶりに(=1):2006/02/25(土) 02:36:09
まだやってるのか、このスレ!

ひさしぶりに見にきても
続いてたりすると、なんか嬉しいな。

317 :結構自作自演してきた人:2006/03/02(木) 17:52:23
>>316
そろそろ引退なのでこれ以上スレ伸ばせんです。
9割程自作自演で頑張りましたが、もりあがらなかったですねぇ
漏れも後からこのスレみて懐かしくなったりするんかな?
いや、逆に香ばしいレスに胸キュンするかもわからんね

318 :名無しさん@5周年:2006/03/17(金) 10:51:06
neurolucidaのバイナリファイルって読めないの?

319 :名無しさん@5周年:2006/03/20(月) 06:00:33
>>318
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?p=754


320 :名無しさん@5周年:2006/04/11(火) 05:18:08
gcc4.0でガツガツオプションつけてコンパイルしたら結構速くなった
おまいら-ffast-mathオプションはアリだと思いますか?

321 :名無しさん@5周年:2006/04/18(火) 01:47:09
ほらよ>>320
http://www.amd.com/us-en/assets/content_type/white_papers_and_tech_docs/32035.pdf

322 :名無しさん@5周年:2006/04/18(火) 06:52:36
>>320
坊やにはまだ早いかもしれんがね
http://www.intel.com/software/products/compilers/techtopics/compiler_optimization.pdf

323 :名無しさん@5周年:2006/04/19(水) 00:36:17
ライセンス表記
iv=http://www.neuron.yale.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/iv/Copyright
nrn=http://www.neuron.yale.edu/viewcvs-bin/viewcvs.cgi/nrn/Copyright

324 :名無しさん@5周年:2006/04/23(日) 00:48:17
リンク集など
http://home.earthlink.net/~perlewitz/index.html

325 :名無しさん@5周年:2006/06/01(木) 00:32:54
ho

326 :名無しさん@5周年:2006/06/28(水) 00:09:45
ネットワークドライブ(Windows共有)へのディレクトリ削除
ホストがwinだとsystem("rm -r dirname")でOK
ホストがsambaで同じコマンド使うと
「rm: cannot remove directory `dirname': Directory not empty」
でエラー

なんぞ?

327 :名無しさん@5周年:2006/07/04(火) 02:16:27
>>326
cgwinの問題じゃねーの?

328 :名無しさん@5周年:2006/09/07(木) 00:23:33
ho

329 :名無しさん@5周年:2006/10/24(火) 10:24:32
Poiraziさんのここら辺がうんこくさい

FUNCTION ghk(v(mV), ci(mM), co(mM)) (mV) {
LOCAL nu,f
f = KTF(celsius)/2
nu = v/f
ghk=-f*(1. - (ci/co)*exp(nu))*efun(nu)
}

FUNCTION KTF(celsius (degC)) (mV) { : temperature-dependent adjustment factor
KTF = ((25./293.15)*(celsius + 273.15))
}

FUNCTION efun(z) {
if (fabs(z) < 1e-4) {
efun = 1 - z/2
}else{
efun = z/(exp(z) - 1)
}
}

http://senselab.med.yale.edu/SenseLab/ModelDB/ShowModel.asp?model=20212&file=\CA1_multi\mechanism\cal.mod


330 :1です。:2006/11/10(金) 01:50:55
まだ、あったのかー。
すごいな。このスレ。

懐かしすぎる。

ちなみに、

今日は会社で殺したいほどムカツク奴が現れました。
というから前からいたんだけど、
そいつは俺の事が恐らく嫌いなんだろう。

というか、俺もあいつ嫌いです。何せぶっ殺したいんで。



というくらいな現状です。

ぁー、学生時代が懐かしい。
たしかに苦悩の日々だったけど、今みたいに人間関係での苦悩に比べれば
楽だったかもしれんな。

331 :名無しさん@5周年:2006/12/15(金) 23:43:34
>>330
カンバ、1000踏むまではムショに入るなよ

332 :名無しさん@5周年:2007/02/17(土) 02:09:31
printf("%c",7)でベルが使えた喜び

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