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NEURONシミュレータ

1 :研究男:02/08/13 04:09
http://neuron.duke.edu/
↑このサイトにあるシミュレータソフト
使ってる人いる???
なんか微妙に不具合あったりするんだけど
解かる人いたら
ちょこちょこって
ご意見して。

2 :研究男:02/08/13 07:44
もう、わかりました。
いい加減、僕もブチ切れましたよ。

このスレを立てて皆さんに迷惑をかけてしまったことは本当に反省していて、
解決したらすぐに削除依頼をだして2ちゃんねるも辞めようと思っていました。

今まで散々、馬鹿にされても「自分のミスのせいだ」と、我慢してきました。
ですが、僕ももういい加減ムカついてきました。

宣言します。

「この問題が解決するまで何度でもage続けますし、1000超えても同じスレを立てます」

いいですか、もう僕は動じません。
誰に何と言われようとも、この問題が解決するまで、たとえ何ヶ月かかろうとも、
何年かかろうとも、このスレをage続けます。
1000超えても同じスレを立てます。

マジで、マジでもうブチ切れましたので、よろしくお願いします。


3 :名無しさん@1周年:02/08/13 08:22
不定期あげ!

4 :夏ですね。:02/08/13 10:29
          ./ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ∧_∧   /  >>1 さんには、注意書(ちゅういが)きの意味(いみ)が
 ( ´∀`) <    難(むずか)しすぎたようですね。漢字(かんじ)にふりがな
 (    )   \  をつけて、もっと分(わ)かりやすく教(おし)えてあげるよ♪
 | | |.     \_________________________
 (__)_)

☆簡単(かんたん)な質問(しつもん)は @質問箱(しつもんばこ) を利用(りよう)
  してみましょう。
☆スレッドを立(た)てるときは、同(おな)じ内容(ないよう)のスレッドがないか
  調(しら)べましょう。

          ./ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ∧_∧   /  上(うえ)の文(ぶん)を、>>1さんでも分(わ)かるように
 ( ´∀`) <    書(か)き直(なお)すと、こうなるよ。
 (    )\ \
 | | |.     \_________________________
 (__)_)

※似(に)たようなスレッドは立(た)てたらダメですよ。
  そういったスレッド立(た)てても、すぐに消(け)されてしまうよ。

          ./ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
  ∧_∧   /  >>1さん、分(わ)かりましたか?
 ( ´∀`) <    こんどスレッドを立(た)てるときは、きちんと検索(けんさく)
 (    )   \  してからにしようね♪
 | | |.     \_________________________
 (__)_)

>>1さんのお母様へ
ネット上では、子供だからといって規則を破った書き込みをすることはまかりとおりません。
お子様がまだ小さい場合、必ず同伴でインターネットを楽しんで下さい。

5 :名無しさん@1周年:02/08/13 13:32
>>2
一応つっこんでみる

  切れるの早っ!!

6 :研究男:02/08/13 18:10
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            |  ゝノ
           __|_______|_   ■■■■■■■■
           |iiiiiiiiiiiiiiiii|  ■■■■■■■■■ナニヤッテンダヨ!バカモノガァ!
           |iiiiiiiiiiiiiiiii| ■■■■√ === │
           |iiiiiiiiiiiiiiiii|■■■■√ ~ ミ ノノノ 彡 |
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■√   ∀    ∀ \
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■  ∵   (●  ●) ∴│  / ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■    丿■■■(  │< 常にageとけって
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■     ■ д ■  |   |  言ったじゃないかぁ!
           |iiiiiiiiiiiiiiii|■■■■   ■■ ■■ ■  \_________
           |iiiiiiiiiiiiiiiiii■■■■■■■■■■■■__
           \iiiiiiiiiiiiiii■■■■■■■■■■■■iiヽ
             \iiiiiiiiiiiii■■■■■■■■■■■iiiiiii|
              |iiiiiiiiiiiiiiiii■■■■■■■■■■iiiiiiiii|

7 :名無しさん@1周年:02/08/14 21:02
>>1
ここ住人少ないからねえ。
キレられてもそれわかる人がいないんじゃあレスしようがありませんよ。
ほかのスレの状況ちゃんと見てる?
誰もあんたにイジワルしようとしてるんじゃないのよ。

と一応、念には念を入れてマジレスしてみる。

8 :8:02/08/25 06:16
なんでもいいよ。

9 :情報!!:02/08/25 08:26
http://ninkirank.misty.ne.jp/08/out.cgi?id=askb

10 :10:02/08/25 19:07
>>9
なんの情報だ?

11 :10:02/08/28 20:30
http://kusoasahi.tripod.co.jp/

12 :名無しさん@1周年:02/09/10 03:46
http://members.aol.com/dejunchan/907/jun907006.png


13 :山崎渉:03/01/11 05:29
(^^)

14 :山崎渉:03/03/13 13:34
(^^)

15 :山崎渉:03/04/17 09:25
(^^)

16 :山崎渉:03/04/20 03:58
   ∧_∧
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)

17 :名無しさん@3周年:03/05/10 18:40
なにこれ

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21 :山崎渉:03/05/21 23:39
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22 :山崎渉:03/05/28 14:24
     ∧_∧
ピュ.ー (  ^^ ) <これからも僕を応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄〕
  = ◎――◎                      山崎渉

23 :動画直リン:03/05/28 14:24
http://homepage.mac.com/hitomi18/

24 :山崎 渉:03/07/12 12:39

 __∧_∧_
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)
 |\⌒⌒⌒\
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄

25 :山崎 渉:03/07/15 12:45

 __∧_∧_
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)
 |\⌒⌒⌒\
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄

26 :山崎 渉:03/08/02 02:32
   ∧_∧
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)

27 :ぼるじょあ ◆yBEncckFOU :03/08/02 03:07
     ∧_∧  ∧_∧
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ

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30 :山崎 渉:03/08/15 17:57
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   (_)(_)                      山崎パン

31 :名無しさん@3周年:03/08/26 06:40
だれかNEURONやってる香具師いねーのかよ馬鹿!

32 :名無しさん@3周年:03/08/26 07:57
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33 :名無しさん@3周年:03/08/28 01:38
なんかいえよ こら

34 :名無しさん@3周年:03/08/28 02:44
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35 :名無しさん@3周年:03/08/28 06:12
売るセーバか

36 :名無しさん@3周年:03/08/29 01:00
スクリーンセーバー

37 :名無しさん@3周年:03/10/10 20:09
懐かしいよ子のすれ

38 : ◆jomN2Kqdb6 :03/10/10 20:10
鳥っぷつけよう

39 : ◆NEXT./tIuc :03/11/05 02:46
ほほー

40 : ◆NEXT./tIuc :03/11/06 04:01
ほほー

41 : ◆NEXT./tIuc :03/11/08 02:15
ほひー

42 : ◆NEXT./tIuc :03/11/10 02:19
お風呂に入るとするかな。

43 : ◆NEXT./tIuc :03/11/12 23:16
000

44 : ◆NEXT./tIuc :03/11/14 02:29
調子わりーよなー
眼痛いし

45 : ◆NEXT./tIuc :03/11/14 23:58
今日も眼いてーよ

46 : ◆NEXT./tIuc :03/11/18 02:33
もぅちょいで50だ

47 : ◆NEXT./tIuc :03/11/20 00:36
47

48 : ◆NEXT./tIuc :03/11/22 15:45
48

49 :名無しさん@3周年:03/11/24 03:29
死にたくない

50 :慶子:03/11/24 17:08
ttp://keiko.fam.cx/

51 :名無しさん@3周年:03/11/25 00:39
utino kennkyuusitunni,tukatteruhitoiruyo

52 :名無しさん@3周年:03/11/25 03:52
どこの研究しつだよ おみゃー?

53 :名無しさん@3周年:03/11/25 03:55
スレ立てて一年以上経ってから知ってる人が現れるとは

54 :名無しさん@3周年:03/11/25 06:41
ごめんなさい!

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55 :名無しさん@3周年:03/11/26 02:33
へー。

56 :名無しさん@3周年:03/11/26 11:56
>>52
それは内緒ばい。俺自身はgenesis派。といっても、まだ使えません。

57 :名無しさん@3周年:03/12/08 02:58
言えよ。

58 :名無しさん@3周年:03/12/15 01:01
genesisって宵の?

59 :名無しさん@3周年:03/12/15 21:48
GENESISと書けよ

60 :名無しさん@3周年:03/12/26 20:45
king crimson の方が宵。

61 :名無しさん@3周年:04/01/10 03:30
しらねーよ そんなの

62 :名無しさん@3周年:04/01/30 01:31
MCellが面白そう

63 :名無しさん@3周年:04/08/25 02:46
このスレ見てから二年経ってやっとNEURON使えるようになったが、
どこまで理解したら、使えたことになるのか疑問。
周りに詳しい香具師いないので一般的なレベルがわからぬ。
当方、VectorPlayを改造して遊ぶレベル。


64 :名無しさん:04/08/25 13:05
ふむ

65 :名無しさん:04/08/26 14:17
ボルツマンマシンとかってどうなんでしょう?

66 :名無しさん@3周年:04/08/26 15:57
>>65
netconでできるんでないの?
ttp://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/neuron/classes/netcon.html#NetCon

意味違かったらスマソ


67 :63:04/09/07 08:36
誰も興味なしか。
2年ぐらいは待ってるから、誰かオイラを釣ってくださいね。

68 :名無しさん@3周年:04/09/15 16:40:35
なんで「GENESIS シミュレータ」でググったらこの2chスレが
ひっかかるんだ・・ orz

>>63
どんな使い方してるん?

69 :63:04/09/15 17:13:11
>>68
研究内容ですか?
詳しくは言いませんが、Ca濃度見たりとかしています。
それについて疑問なのですが、濃度周りにおいてNMDOLのVALENCEとか使ってるモデル見たことないですが、
濃度扱うにはNEURON不利とか言われるのでしょうか?
NEURONシミュレータで検索してこんな糞スレトップだし日本で詳しいヒトは居ない…かな?

70 :63:04/09/18 16:10:56
>>69
http://www.cnl.salk.edu/~arthur/MyFirstNEURON.html
のnrnzip解くと入ってました。
「negative valence not accepted」って書いてあるけど、
バージョン5.6では問題ないと思います。

71 :名無しさん@3周年:04/09/20 02:27:50
Ca濃度いじってなにがしたいんだ?
研究うまくいってないんすか?

72 :63:04/09/20 13:32:48
>Ca濃度いじってなにがしたいんだ?
聞いてるのか煽ってるのか微妙だもよん
NEURONネタ以外では釣られないのだもよん

73 :名無しさん@3周年:04/10/01 13:56:24
google: NEURON シミュレータ の検索結果のうち 日本語のページ 約 198 件
http://wwwsoc.nii.ac.jp/psj/jpsj/06307/063070209.pdf
http://www.sk.q.t.u-tokyo.ac.jp/pub/urakubo/NEURON/
http://www.sk.q.t.u-tokyo.ac.jp/pub/urakubo/NEURON/PatDemo/

ぐらしか見当たらないなー
日本でNEURONユーザーの会があるという噂も聞くのだが…


74 :名無しさん@3周年:04/10/11 01:44:29
NEURON俺の先輩使ってたなー
でも深みに嵌ってた・・・。

75 :63:04/10/11 16:25:43
>>74
先輩ですか…結局は使ってる香具師出てこないんですね。
NEURON使ってる論文は多いのに

で、74よ、その先輩はどのような深みにはまっていたのかご存知ですか?


76 :63:04/10/14 18:25:13
ちょいと>>1よ。聞いてくれよ。スレとあんま関係ないけどさ。
このあいだ、シミュレータについての講習会開いたんです。シミュレータの。
そしたらグループの違うモデリング専門の人とかいて、デカイ顔してるんです。
で、よく話し聞くと、シミュレータ使うぐらいならC言語で書いた方が楽だ、とか言ってるんです。
もうね、アホかと。馬鹿かと。
お前な、シミュレータって言葉に釣られて今まで参加したことのないこっちの輪講に来てるんじゃねーよ、ボケが。
シミュレータだよ、シミュレータ。
なんか普段参加しない指導教官とかもいるし。研究室一丸となって輪講か。おめでてーな。
よーしこれからはシミュレータで確認してから実験しちゃうぞー、マニュアルの作成よろしく、とか言ってるの。もう聞いてらんない。
お前らな、シミュレータごときサイト行って自分で覚えろと。
シミュレーションってのはな、もっと殺伐としてるべきなんだよ。
パラメータの違った奴といつ喧嘩が始まってもおかしくない、
刺すか刺されるか、そんな雰囲気がいいんじゃねーか。クレクレ君は、すっこんでろ。
で、やっと説明終わったと思ったら、隣の奴が、GENESISはどうなの、とか言ってるんです。
そこでまたぶち切れですよ。
あのな、GENESISなんてきょうび流行んねーんだよ。ボケが。
得意げな顔して何が、GENESISは、だ。
お前は本当にGENESISを知る気があるのかと問いたい。問い詰めたい。小1時間問い詰めたい。
お前、GENESISって言いたいだけちゃうんかと。
シミュレータ通の俺から言わせてもらえば今、シミュレータ通の間での最新流行はやっぱり、
NEURON、これだね。
NEURON,HOC,NMDOL。これが通の使い方。
NEURONってのは膜電位演算に特化している。そん代わりイオン濃度関連が弱め。これ。
で、それにHOC(High Order Calculator)とNMODL(Model Description Language)。これ最強。
しかしこれを使うと次からNEURON自体のバグに悩まされるという危険も伴う、諸刃の剣。
素人にはお薦め出来ない。
まあお前みたいな奴は、C言語でRunge-Kuttaでも書いてなさいってこった。


77 :74 :04/10/16 15:01:44
>>76
とりあえず、目的が明確じゃなかったからみたいな。
いつも結果でねぇーと 
うわごとのようにほざいてましたよ。

まぁ 
かくいう私も、一応引継ぎでNEURONについて教えを乞いましたけどね。
ただ・・・
いやなんでもない。

78 :63:04/10/16 16:00:15
>>74
>ただ・・・
それはNEURONに対して問題があるわけではなく本人の研究計画の問題だと。
言っているのですか?

NEURONのココガヘンダヨという思うとこあったらネタフリして下さいね。
おながいします。

79 :63:04/10/23 00:16:46
Dendritica
http://www.dendrites.org/software.html

流石にこのソース読む気にならないのですが何か?

80 :74:04/10/24 04:39:07
ほー
デンドライトは樹状突起のことだよね?

81 :63:04/10/24 07:03:06
>>80
dendrites⇒dendriteの複数形
それじゃあsomataは?

  | ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄|
  |次でぼけて!!!! |
  |_________|
     ∧∧ ||
    ( ゚д゚) ||
    / づ Φ


82 :63:04/10/27 07:44:26
>>80同様ボケてくれると思ったのですが…
74、君には失望したよ

気を取り直して、NEURONのyaleのftpサイト
ftp://ftp.neuron.yale.edu
昔のバージョンあったりといろいろ転がってますね。

時にバージョン5.6から日本語path通らなくなっているような気がしますが僕だけですか?(winXP,sp2)
また5.6では新しいツールも追加されていますよ、最新版の確認は忘れずに。

83 :63:04/10/30 03:08:02
キャッシュ消えるまで晒し
http://64.233.161.104/search?q=cache:YwPM_hQT6DEJ:jbbs.shitaraba.com/study/18/storage/1023091535.html+NEURON+duke&hl=ja&lr=lang_ja


84 :63:04/10/30 05:37:18
懐かしい、昔のブックマーク開いてたら出てきたよ。
http://web.archive.org/web/20020626201623/http://www.kyu-dent.ac.jp/depart/physiology/ono/neu-use.html

NEURONは廃れてきてるんですかねぇ。
これからだと思ってるのですが…


85 :名無しさん@3周年:04/10/31 01:11:20
このスレまだあんのか!
懐かしい苦悩の日々!
思い出すぜ!
あの頃はまだこのスレ2chに登録されてなかったっけな〜

86 :1(=85)です:04/10/31 01:12:02
ぁ、俺このスレ立てた者です!

87 :1(=85)です:04/10/31 01:13:11
今じゃ 
リーマンやっております
ヨロシコ!

88 :63:04/10/31 03:21:35
1キタ━━━━━━(゚∀゚)━━━━━━ !!!!
会えて嬉しいよ〜

早速で悪いのですがNEURONについての感想下さい。
今も使っているのかどうかも含めてよろしくお願いします。


89 :1(=85)です:04/10/31 22:35:57
NEURONの感想かぁ、
とりあえず、初めはGUIの部分だけいじっていたんだけど
いろんなチャネルを付け足す必要がでてきてからは
.hocファイルと.modファイル?確かこの2つのファイルを
ひたすら弄繰り回した気がします。

他のシミュレータもいろいろいじったりしてたけれども
これは使いやすくはあったね。
ただ、予期せぬ動きとかしてたことも多々あったんで
ブラックボックス的にシミュレートしてたこともあった。

ちなみに、今じゃあ
まったくもって使っていません。

90 :名無しさん@3周年:04/11/01 01:27:09
佐倉広夢きゅんのおちんちん 園田由貴きゅんのおちんちん
泰麒きゅんのおちんちん 綿貫瑠宇きゅんのおちんちん
イカルきゅんのおちんちん 柊真生きゅんのおちんちん

まあそれはそうと・・・・・・チンコとおちんちんは別物
まず少年のパンチュが・・・・いっぱーーーい、いっぱーーーい
ケンチャナヨ、チョパーリ、チャンコロコロコロコローリコローリ
かかかかかかかかか、火病だーー!!!!!!!!!!!!
アメリアのデカ乳 パーラのデカ乳 
なんか書くことなくなったからもういいや、もういいや・・・・。
細木数子・・・・・・・・・・・・・・・・。
タッタターーータララララタッタタララララーーーーーーーーー♪
るるるるる〜〜〜〜るるるるるるるる〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜♪
どりかむだってよどりかむははははははがらがららがしびいいいい

91 :63:04/11/01 08:28:29
>>89
感想ありがとうございました。

>とりあえず、初めはGUIの部分だけいじっていたんだけど…
そうですよね、GUI付属ツールののCell BuilderやらChannel Builderなど使いにくくて仕方ありません。

>.hocファイルと.modファイル?確かこの2つのファイルをひたすら弄繰り回した気がします。
僕も同じような感じです、最近では
http://senselab.med.yale.edu/senselab/ModelDB/default.asp
が充実してきてるようでchannel検索してmodファイル落として使っています。
昔は>>84のリンクより八木研http://www-yagi.ces.kyutech.ac.jp/NEURON/(リンク切れ)にてmodファイルが落とせたのことですが、
(今は消息がつかめませんので)そのあたりご存知のことがあればお話を聞かせてください。

>他のシミュレータもいろいろいじったりしてたけれどもこれは使いやすくはあったね。
実のところ私、他のシミュレータ動かしたことはあるもののどこまでが限界なのかは把握するほどに使い込んでいませんので
比較するのは難しいのですが、(シミュレータを理解するまでが一番面倒くさい作業ですよね?)
NEURONはマニュアルの完備が良くない等一般に言わているようですが、僕はそうは感じていません。
十分そろっていると思っていますし、取っ付きやすさではかなりポイント高いと思ってます。

92 :63:04/11/01 08:30:02
>>91の続き
>ただ、予期せぬ動きとかしてたことも多々あったんで…
ここが問題ですよね。
ネタとして>>76には書きましたが、ある程度使ってきて"バグと言われるものはそれほど無い"と思っています。
大方「予期せぬ動き」はコーディングにおける問題であると僕は思っています。
(つまり、長く使っているとどういう書き方で不具合がでるかが分かり、無難な書き方が見えてくるということ)
まぁ、これをバグというのかもしれませんが…
僕が思う最大のバグは
(1)hocにおいて、init()を1度書いた場合と2度書いた場合で解が変化する場合があること
>>79のdendriticaでもinit(),fcurrent()等の関数が2度書きされている場所があります)
(2)modにおいて、VERBATIM return0; ENDVERBATIM(C言語コード埋め込み)が必要な場合があること
(defaultの関数vclamp.modで使ってんじゃねーよボケが)
の2つです。
僕自身気づいていないものもあると思いますので、他に何か腑に落ちないバグらしいものがありましたら情報待ってます。

周りにNEURONについて話のできる人がいないもので、溜まっているものを吐いてしまいました。
1さんだけでなくともNEURON使いの人が居りましたならご教授頂きたいと思ってます、よろ〜。


93 :名無しさん@3周年:04/11/03 15:10:06
ちなみに>>2>>5は私です
今ではリーマンやってます

94 :63:04/11/03 17:48:36
レスが続かないですね。
そして、僕もリーマンやってます、と。

95 :63:04/11/05 16:22:30
エディターの性能の差がコーディング効率の決定的差であることを(ry
http://www.anc.ed.ac.uk/~dcs/nmlnapster-repository/neuron/

96 :63:04/11/06 01:18:38
2ヶ月ほど経って得られた情報が何一つないのですが…
まぁ>>83のようなクレクレ君が来てない分気分は良いので
ポチポチ情報落としながら気長に待ちますか

97 :63:04/11/07 19:43:44
intelコンパイラーでNEURON使ってるとか言ってみるテスト

98 :63:04/11/12 05:34:33
そして誰も来なくなった罠

99 :63:04/11/13 09:51:59
これから始める人は、以下の順でマニュアル読むのをお勧めします、と。
(1)http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/tutorial/index.html
(2)http://www.anc.ed.ac.uk/school/neuron
(3)http://www.neuron.yale.edu/neuron/papers/nc2000/nmodl.htm

100 :64:04/11/19 02:03:53
A:やっぱりGENESISでしょ、並列演算もできるんだし。
B:NEURONだってできるよ。
A: ( ゜Д゜)ポカーン

さあ君もPVMでパラレルシミュレーションやらないか?
http://www.csm.ornl.gov/pvm/pvm_home.html

101 :63:04/11/22 00:13:07
シミュレーションは一日一時間
それ以上は時間の無駄だなこりゃ

102 :カオスさん@3周年:04/11/22 01:42:57
カオスニューロマンセー!!!!
津田一朗天才!!!!
日本から世界へ独創的な研究を発信しよう!!!!

103 :甘利さん@3周年:04/11/22 01:50:44
誤差逆伝播法はラメルハートではなく甘利俊一せんせーが世界で最初に発見されました。
日本人の研究者は欧米人のサルマネばかりでなく日本人研究者の独創性にも
敬意をはらわんとあかんよ

104 :63:04/11/23 08:13:33
ニューラルネットはあっちいけ。
>>102-103
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/sim/1015733653/


105 :63:04/11/25 20:09:06
modlunit
NMDOL上での文法and単位換算のチェックプログラム

これパスできない公開ソース大杉
例えば>>73のソースでも通りませんね。
それだけで"ソースに信用無し"と思われないように注意しましょう。

106 :63:04/11/27 03:26:06
>>105
訂正
>例えば>>73のソースでも通りませんね。
例えば>>73のソースの中にも通らないものがありますね。


107 :63:04/11/28 01:52:33
UNIX版のnrngui…シェルスクリプトなんですね。



108 :63:04/12/02 00:43:39
>>107
gui外してterminalで使おうと思って。
結局nrnguiを
#exec $program "$NEURONHOME/lib/hoc/nrngui.hoc" "$@" -
exec $program "$NEURONHOME/lib/hoc/noload.hoc" "$@" -
に修正でいまのところ問題なしです。
正規の方法を見つけられなかったのですが、ご存知の方いましたらレス下さい。

109 :63:04/12/03 03:12:40
ちょうどNEURONのML、やろうと思ってること話題になり始めたし…
MLの登録はここ↓からな
http://www.neuron.yale.edu/neuron/nrnusers.html

110 :63:04/12/11 01:23:56
MLネタ
"Sholl distance"
http://www.mssm.edu/cnic/pdfs/scorcioni04.pdf
googleで検索してこれtopですた(w


111 :63:04/12/21 18:01:48
NEURON関係ないですが誰も来ないのでお暇カキコ
ttp://www004.upp.so-net.ne.jp/iamjun/memo/memo920.htm
これの最後の部分に感動
うちの教官助けてくれないからな、いや助けて欲しいわけではなく助言が欲しい。
理論が正しいか正しくないかの判断もしてくれないのですから、
僕の嫌われようもなかなかのものですね(藁

112 :63:05/01/03 08:36:09
vector_x.record(&y)
vector_y.record(&t)

cvode.record(&y,vector_y,vector_t)
って等価だと思うのですが結果異なるんですけど…
しかもcvode使ってるのにvector.recordの方が正しいぽいし

vector.record
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/general/classes/vector/vect.html#record
cvode.record
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/neuron/classes/cvode.html#record

113 :63:05/01/03 08:38:33
(訂正)
vector_y.record(&y)
vector_t.record(&t)

cvode.record(&y,vector_y,vector_t)


114 :63:05/01/03 09:07:52
>>112>>113
挙句、気のせいだったとか言ってみるテスト。
あけましておめでとう。


115 :63:05/01/11 09:16:02
NMDOL function: at_time()

電流指定していないソースだと無視されます。
使わなくても
ELECTRODE_CURRENT i
と書いとけって訳ですか?

116 :63:05/01/11 10:30:17
file.printf("str")

strは最大140文字ぐらい…
エラー出すにしても意味分からんぞオイ

117 :63:05/01/13 02:47:12
netconのバグだろこれ。

create soma
access soma
L=10
diam=10
insert pas
e_pas=-60
v_init=-60

objref stim,nc,nil

stim=new SEClamp(0.5)
stim.rs=1.0
stim.dur1=0.01
stim.amp1=40
stim.dur2=0.01
stim.amp2=-60
stim.dur3=0.01
stim.amp3=40

nc=new NetCon(&v(0.5),nil)
nc.threshold=0
nc.record("print t")

cvode.active(1)
cvode.condition_order(2)
tstop=100

run()

118 :どうも(=1):05/01/14 01:15:13
久しぶりに板を見ると
未だに書き込みが続いているようで
ガムバレ!

63よ、卒業はいつだい?

119 :63:05/01/14 17:15:20
>>118
お久です。
とりあえず1000目指してがんばりますね(笑
卒業は来年です。(ということは1日3回書き込み…無理ぽ
というか指導教官と仲悪いしやる気しね。

1さんのお仕事はシミュレーション関連ですか?
ぼちぼち就職考えんとならないので何かお話聞かせて下さい。

120 :どうも(=1):05/01/15 03:45:16
仕事はシミュレーション関係とはちと違うかな
ホントは研究職につきたかったんだが、
うまくいかなくてな。

就職はいろいろ回った割りに、ITエンジニアで落ちついたよ
なんでか、こんなんになってるよ。

まぁ俺のようにならないようにがんがってくれ。
またそのうち見にくるかもしれん。

じゃ(´・ω・`)ノ

121 :63:05/01/19 18:50:11
>>120
ITエンジニア、十分うらやましいです。
こちとら中途半端な理工学系だから専門知識もありゃしない。
ベーシックサイエンスに逃げ道無しってか?
とはいえ、もろ実学臭いのは嫌だったし…(ノд`)トホホ


122 :63:05/01/21 10:03:55
glaph: shape plot
NEURONのコンパートメントは円筒形という設定なのに
Show diamしたとき四角柱にしか見えない罠

123 :63:05/01/21 13:30:35
>>122
×四角柱○直方体w

124 :63:05/01/24 11:57:26
MLネタ
>I'm desperately trying to figure out the correct parameter setting in NEURON (略
>Hopefully someone can help me.
MLのレベル低杉、Tedも大変ですねw


125 :63:05/01/24 12:12:30
モデリングなんてもうやりたくねーよワーン
そろそろ本業に戻りたいのですが…って言ってもNoなんだよなこれ。

126 :63:05/01/25 18:55:11
Documentationに新マニュアル
NEURON Tutoral from the Obidos 2004 course
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/docs.html

スライドなので説明足りなく初心者には不向きのマニュアル(ソース付き

127 :63:05/02/05 16:06:56
今日は仲良くできました◎

128 :63:05/02/08 07:59:29
MLネタ
>>except looking at the "real time" box in the RunControl menu...
つーかboxに表示されるなら変数があるって思うだろ普通
変数"realtime"がboxに表示される値になります

129 :ぼるじょあ ◆yBEncckFOU :05/02/20 09:42:12
                                         
     ∧_∧  ∧_∧                             
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕                             
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ
                                          

130 :63:05/02/21 14:08:00
「ある程度NEURON使えるようになったYO」
って話になったら、
「じゃあ次はGENESISだな」
と言われてしまいました。

NEURON,GENESISその次はサテライトですかな…就職に役立たないYO

131 :山.崎 渉:05/02/22 19:20:42
...これからも僕を応援して下さいね(^^)。   
  
━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅(^^)]━―━―━―━―━―━―━―━―━―
         
     ∧_∧
ピュ.ー (  ^^ ) <これからも僕を応援して下さいね(^^)。                         
  =〔~∪ ̄ ̄〕                                            
  = ◎――◎                      山崎渉                       
                                
 __∧_∧_                                                 
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)      
 |\⌒⌒⌒\                                
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉             
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄                            
                            
   ∧_∧                                       
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)      
                                                       
    (⌒V⌒)                    
   │ ^ ^ │<これからも僕を応援して下さいね(^^)。   
  ⊂|    |つ                                
   (_)(_)                      山崎パン 
                                         
     ∧_∧  ∧_∧
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕                          
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ

132 :63:05/02/26 17:47:02
盛り上がってまいりました。

133 :63:05/02/28 12:33:24
hoc function: define_shape()
pt3d使った後にこれしないでdiam変えたりすると
かなり意味不明なバグでます(全コンパートメントのdiamが500に設定されてしまいました)
注意しましょう

134 :63:05/03/20 05:12:05
GENESISのユーザーグループBABEL
登録しないとアクセスさせないってどういうことだよ
登録した香具師いたら内部のアーカイブ情報キボン

135 :名無し:05/03/20 17:29:54
>>134
メール一つですぐ登録できますから登録しましょうよ.
NEURONのSenselabで手に入るような,
チャネルや形態モデルのGENESISスクリプトが手に入りますよ.

63さんは苦労なさってるみたいですが,
たしかに周りに同じシミュレーターを使っている人がいないと大変ですよね.
私もバグに悩まされた時期があって,
ボスにはNEURONのソースコードを全部読めと言われました.
へたれなんで,全部は読みませんでしたけど.
必要に応じてソースコードを読む気合がないと,
シミュレーターを使って研究はできませんね.
63さんは,就職のことを心配されてるみたいですが,
NEURON,GENESISのソースコードを読めば,
多少はc/c++の力がついて,就職に役立つのではないでしょうか.
考え無しにシミュレーターで結果だけだしても,
研究としての意味もないし,就職に役立つ力もつきませんよね.
シミュレーターはブラックボックスにして,
解析を頑張るという方法もありかもしれませんが...

そういえば,3/28,29,30に玉川であるNC研では,
シミュレーターのセッションがありますよ.
興味があれば,聞きに行かれてはいかがですか?
http://www.ieice.org/iss/nc/jpn/program0503.txt

ま,とにかく自分の頭を使って頑張ってください.
長文失礼しました.

136 :63:2005/03/21(月) 07:48:56
>>135
助言ありがとうございました。

>メール一つですぐ登録できますから登録しましょうよ.
時間あるとき登録してみます。

>私もバグに悩まされた時期があって
バグ告知でスレ盛り上がればと思っていますので、できれば状況解説頂ければと思います。

>ボスにはNEURONのソースコードを全部読めと言われました.
オープンソースだからと言ってパッケージのソース嫁とは無茶です

>NEURON,GENESISのソースコードを読めば,
>多少はc/c++の力がついて,就職に役立つのではないでしょうか.
NEURONなら、
HOCのTemplateでおぶじぇくと指向とやらがなんとなく理解できました
MODはセミコロンなしでcソースと変わらないですね。
GENESISはまだ勉強したてですが、(function endより)c系というよりfortranよりですか。

>そういえば,3/28,29,30に玉川であるNC研では,シミュレーターのセッションがありますよ.
見に行く予定です。NEURONもといシミュレータ使っているグループがこんなにいるとは・・・
このスレROMってる人も多少いるのかな?


137 :63:2005/03/22(火) 16:36:01
>>135
>(function endより)c系というよりfortranよりですか。
(ポインタの概念がないことより)Fortran77よりですか。
どうでもいいですけど

138 :63:皇紀2665/04/01(金) 14:29:39
今日は寿命が縮まるほど怖かった
付いていけないです

139 :63:2005/04/14(木) 03:57:27
NEURONとGENESISにおけるコンパートメント接続のお話し

NEURON:
conntct soma(1),dend(0)

GENESIS:
addmsg /cell/dend RAXIAL Ra previous_state
addmsg /cell/soma AXIAL previous_state

GENESISはNEURONに比べると書式がめんどくさい…けども、
同様に膜電位以外(濃度関連)の記述もできるのでNEURONのconnectよりも汎用性大。
というところが、NEURONは膜電位に強く(簡単で)濃度に弱いということみたいですな。
はたまたNEURONはコンパートメントがセグメントに分かれてもいるし、
diffusion表現するのは厳しい(無理?)感じがします。
コンパートメント間(not セグメント)ならparent_connectionでpointerの受け渡しも簡単に書けそうな感じもしますが…

とか言ってみるテスト、経験者いたらレスキボン

140 :63:2005/04/16(土) 01:32:59
hocコマンド:em
簡易emacs
プログラム自体あるのは知ってたけど、コマンドとして使えるとは知らなかった

141 :63:2005/04/16(土) 04:04:12
>>139
NEURONにおけるdiffusionについて

parent_XXX系の関数よりSectionRefクラスの方が推奨されてるっぽい。
適当にpointerをca_left,ca_rightで受けられようにSUFFIX cadでmodを作って、
objref sref
forall{
sref=new SectionRef()
if(sref.nchild!=0){
setpointer ca_left_cad(0.5),sref.child[0].cai(0.5)
}else{
setpointer ca_left_cad(0.5),sref.sec.cai(0.5)
}
if(sref.has_parent==1){
setpointer ca_right_cad(0.5),sref.parent.cai(0.5)
}else{
setpointer ca_right_cad(0.5),sref.sec.cai(0.5)
}
}
シングルセグメントかつ分岐なしならこれでOK。
分岐が入るとその分だけポインタ増えるし…設計間違いますたなこれは。
濃度ではなく変化成分のみを渡せばその問題解決できそうだけども…NEURONでやるのが間違ってるのでしょうか?
濃度関連といえばE-Cellが強いんでしたっけ?
乗り換える気はないですがシミュレータのreview情報キボン

142 :63:2005/04/16(土) 05:04:15
サテライト(SATELLITE)って良く調べてなかったのですが、
ttp://take.st.nagaoka-ct.ac.jp/satellite/
ミラーしか残ってないし、開発終了してるのですかな?
NEURON, GENESISのフォーマットにも対応(予定だったかも?)
ということが印象的だった覚えがあります。
でも普通に考えて言語の変換なんて無理っしょ。
昔使った感覚ではmatlab,scilab系統だとしか感じなかったな。

143 :63:2005/04/19(火) 05:21:16
>>142
SATELLITE
ttp://satellite.sourceforge.jp/
こっちでしたスマソ

144 :63:2005/04/20(水) 10:02:11
>>141
mod:
ポインタの配列表現はできないみたいです。
それじゃぁ、VERBATIM使ってグローバル変数ってのはどうなのかな?

145 :63:2005/04/20(水) 23:48:54
mod内のFUNCTIONはclass内でpublic宣言扱いにされhocから呼べるようだ

mod:
NEUORON { POINT_PROCESS hoge }
FUNCTION func_print(x){ func_print = x }

hoc:
create hoe
access hoe
objref pr
pr=new hoge(0.5)
pr.func_print(value)

debugに使えるとか思うけど必要ないかな(SUFFIXでも同様に呼び出し可)

146 :63:2005/04/21(木) 07:16:17
つまるところChannelDBって氏んでるんですか?
http://www.modelersworkspace.org/channeldb/README.html
dogstar.colorado.eduのMySQLサーバー稼動してないみたいですけど??
上はサンプルサーバーらしいけど、どっかでデータ公開されてないのかな。
GENESIS使いの方コメント求む

147 :63:2005/04/22(金) 02:57:40
SFNでこんなんやってたんですね。
http://64.233.187.104/search?q=cache:DkyqEavs9e8J:bbf-www.uia.ac.be/publications/pub014/TNB_pub14.shtml&hl=ja

148 :63:2005/04/22(金) 10:37:39
modのmodについて
x%y == fmod(x,y)
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/nmodl/nmodlfunc.html
知らんかったわ

149 :63:2005/04/22(金) 12:03:46
>>148確認するのに>>145使ったりする罠
結構便利

150 :63:2005/04/23(土) 06:44:25
NEURON 5.7.159 マイナーバージョンアップ
swc直接読めるようになったけどBuilder使ってないし…
なんせsesでの保存が信用できないもので(Shape Plot設定保存されない云々

151 :63:2005/04/23(土) 09:56:47
>>144
ポインタがまとめて渡せないので
forall{
 setpointerでアドレス渡す
 >>145の方法でアドレス退避させる
}
これでマルチコンパートメント、シングルセグメントは無理やり表現可能でした。
最後にマルチセグメントの問題は…setpointer変えるだけかな?
セグメント自体をコンパートメントで表現してもOKだけど。
(CellBuilder使ってコンパートメント分割でできるから関数化されてるかな?
汎用じゃないのでsetpointerで表現する方向でよろしく。

152 :63:2005/04/23(土) 10:21:15
mod: 代入値によるmodlunitの単位合わせ
FUNCTION hoge()(mA){
  LOCAL hoe
  hoe=1(mA)
  hoge=hoe
}
直接代入値に指定できるようです
知らずにUNITSOFF書きまくってた罠



153 :63:2005/04/23(土) 11:00:27
NC研に引き続き
ttp://www.brain.kyutech.ac.jp/~natume/brainscience/
でもNEURON…ブレイクのヨカン?
プログラムはCでしょとか言ってるおばかさんたちが絶滅してくれれば本望。
(gui覚えるほど暇じゃないって…gnuplot?あなたNEURON使ったことないでしょ

154 :名無しさん@3周年:2005/04/23(土) 13:21:03
>>153
うむ、それでは>>151はどう言い訳するおつもりで?

155 :63:2005/04/26(火) 00:49:51
>>154
(´・ω・`)ショボーン

156 :63:2005/04/26(火) 00:57:02
>>145
>SUFFIXでも同様に呼び出し可
呼び出せるけど、accessしてるsectionを無視しているようです。
というわけでPOINT_PROCESSのみというこで(奨励されてないのものは使うべきではない?

157 :63:2005/04/26(火) 02:22:07
hoc: diamの設定法
diam(0:1)=10:100
端点0のdiam=10、反対の端点のdiam=100に固定して、間のsegmentにおけるdiamをlinearに設定してくれる(円錐台形になる)
そういえばこういう書き方あったっけ、CellBuilderで使えないので忘れがち。

158 :63:2005/04/26(火) 07:21:47
>>151
>マルチセグメントの問題は…setpointer変えるだけかな?
\___/
/     \
こんな時SectionRefでparent,child判断してもどっちの端点に接続されているか分からない罠
topology()なら端点含めて情報吐けるけど扱いにくい…ていうかまた作り直しかorz

159 :63:2005/04/28(木) 00:09:50
結局、cvodeで落ちる罠
しばらくNEURONお休みします

160 :名無しさん@3周年:2005/07/21(木) 09:04:58
hosyu

161 :名無しさん@3周年:2005/07/21(木) 15:49:24
保守

162 :名無しさん@3周年:2005/08/02(火) 12:50:49
これ流行ってんの?
使い方ワケわかめ

163 :63:2005/08/02(火) 21:49:51
>>162
神経細胞シミュレータの中で最も流行ってて
神経細胞シミュレータの中で最簡単ですね

164 :名無しさん@3周年:2005/08/03(水) 15:04:18
>>163
http://senselab.med.yale.edu/senselab/modeldb/FindBySimulator.asp

165 :63:2005/08/04(木) 09:47:45
>>164
yaleのPI捕まえてNEURON流行ってると言いのはどうでしょう?
>>163は単に自分の感覚なので悪しからず

166 :名無しさん@3周年:2005/08/05(金) 13:28:58
>>99
これ参考にします。

167 :こちらもよろしくお願いします:2005/08/05(金) 14:58:13

【Offiicial Home Page】
Leaf http://leaf.aquaplus.co.jp/
key http://key.visualarts.gr.jp/index.htm


168 :63:2005/08/08(月) 12:24:27
>>166
>>99のにguiのマニュアルは含んでませんので、
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/stdrun/0stdrun.html#NEURONMainMenu
のリファレンス参照
これでもNEURONがマニュアル不備だと言われるのは何故かと。
出版物で欲しいなら
http://neuronsinaction.com/
なんてのもあるみたいですね

169 :63:2005/08/12(金) 04:38:15
ver5.6とver5.7で演算速度が格段に違う気がするのです。

170 :63:2005/08/14(日) 01:48:28
いつの間にかこんなの立ち上がってたりペタペタ
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/index.php

171 :63:2005/08/28(日) 14:58:35
NMODL: デフォルトのunits定義ファイル
unix: $NRNHOME/share/nrn/lib/nrnunits.lib
win: $NRNOME/lib/nrnunits.lib
1($)=107(japanyen)

172 :63:2005/08/29(月) 06:34:03
リバイス求む

$IV/$CPU/bin/
bbswork.sh*スクリプトnrnivの実行速度計測(パラレル用?)
hel2mos1.sh*スクリプトヘルプビューア(未実装)
hoc_e*バイナリ?
iclass*バイナリIClass、C++クラスブラウザ
idemo*バイナリIDemo、GUIのAPI(glyph)チェック用
idraw*バイナリIDraw、ドローソフト
ivoc*バイナリ?
memacs*バイナリMicroEMACS、テキストエディタ
modlunit*バイナリmodfileの文法、単位(unit)チェック
mos2nrn*バイナリnrnzipから実行するコマンド
mos2nrn2.sh*スクリプトmos2nrnから呼び出されるスクリプト
neurondemo*スクリプトNEURONのデモ
nocmodl*バイナリmodfileコンパイルの実体
nrngui*スクリプトgui付き+自作modを含めてnrniv
nrniv*バイナリnrnguiに呼び出される実体
nrniv_makefileスクリプトnrnivmodlから呼び出されるMakefile、nocmodlを実行
nrnivmodl*スクリプトmodfileをコンパイル(IV対応版)、nrniv_makefileを実行
nrnmech_makefileスクリプト?nrnmech library用Makefile
nrnocバイナリnrnivのGUI無し版
nrnoc_makefileスクリプトnrnocmodlから呼び出されるMakefile、nocmodlを実行
nrnocmodlスクリプトmodfilをコンパイル(IV非対応)、nrnoc_makefileを実行する
ocバイナリ?

173 :63:2005/08/29(月) 06:36:03
ごめん字下げまちがった

174 :名無しさん@3周年:2005/08/30(火) 16:51:31
全然わかりません

175 :名無しさん@3周年:2005/09/01(木) 16:35:04
質問、modlunitの使用法がよくわかりません(--help効かないし)
ディレクトリ以下のmodファイルに一括で使用することは可能でしょうか?

176 :63:2005/09/02(金) 14:30:23
>>175
>一括で…
できない。ので以下で代用
#! /bin/sh
var=`ls -1 *.mod`
for fn in $var
do
modlunit $fn 2>&1
done

177 :名無しさん@5周年:2005/09/09(金) 14:34:53
卒論がこれでいくことに決まりました
これからよろしくお願いします

178 :63:2005/09/11(日) 06:32:41
>>177
外れくじ引かされましたか?

179 :63:2005/09/12(月) 08:57:48
最近NEURONのソース読みが本格化してきた罠
ver5.7.159
nrn-5.7/src/sundials/shared/smalldense.c
L:180
void dencopy(realtype **a, realtype **b, long int n)
{
long int i, j;
realtype *a_col_j, *b_col_j;

for (j=0; j < n; j++) {
a_col_j = a[j];
b_col_j = b[j];
for (i=0; i < n; i++)
b_col_j[i] = a_col_j[i];
}

}
a_col_j,b_col_j使ってませんメモリ確保されてませんデータ溢れて結果変わります
ちょびっとだけどね

180 :63:2005/09/12(月) 09:04:45
>>179
痛いほどの大嘘です
もう来ねーよ

181 :名無しさん@5周年:2005/09/15(木) 09:57:18
modのTABLEの効果がいまいちわからん
デフォのhh.modでTABLEありなし比べたけど1割速いかどうかの差でしたね

182 :名無しさん@5周年:2005/09/16(金) 06:05:17
既出かな(日本語マニュアル
http://wwwsoc.nii.ac.jp/psj/jpsj/06307/063070209.pdf

183 :名無しさん@5周年:2005/09/16(金) 13:56:54
既出じゃね?
誰か八木研の持ってる人いない?

184 :名無しさん@5周年:2005/09/16(金) 18:49:13
>>183
いまさら八木研でもないだろ
http://senselab.med.yale.edu/senselab/modeldb
http://www.visiome.orgsenselab
で十分じゃね?

185 :名無しさん@5周年:2005/09/16(金) 20:15:44
それより誰かbabelのpassうpしる

186 :名無しさん@5周年:2005/09/21(水) 11:27:42
>>184
使い方がいまいちわからないんだよ

187 :名無しさん@5周年:2005/09/22(木) 21:48:58
>>186
そのためにスレがあるナリ
ネタ振ってくれや

188 :名無しさん@5周年:2005/09/26(月) 12:17:01
DBのうまい活用法

189 :名無しさん@5周年:2005/09/28(水) 13:52:31
最近訳しながら使ってみてるんだけど
http://www.anc.ed.ac.uk/school/neuron
ここのCのが動かないんです
グラフ無効ですっていう表示がでる
助けて

190 :名無しさん@5周年:2005/09/28(水) 19:56:15
グラフ関係のライブラリが入ってないだけじゃ?

191 :名無しさん@5周年:2005/09/29(木) 00:48:46
>>188
senselabの話だな
http://senselab.med.yale.edu/senselab/
漏れは最初NeurnDBに入って
チャンネルの有無とdistribution確認して(参考にはならないが一般的な見方として
modelDBに戻ってチャンネルで検索
modelDB->neuroDBへの移動はできるが逆はできないあたりがめんどい。
他に使いやすいDB知ってたら報告しる
http://big.sfn.org/NDG/site/default.asp

>>189
コピペして普通に動くぞ
>グラフ無効ですっていう表示がでる
エラーメッセージはそのまま貼ってくれ、意味わからん

192 :名無しさん@5周年:2005/09/29(木) 06:18:34
>>191
CoCoDat
http://www.cocomac.org/cocodat
データ、レコーディング環境など、MS-ACCESSデータにしてある(web版もある
論文のページやfig番号も出てるけどびみょう
数は結構多い

193 :名無しさん@5周年:2005/09/29(木) 07:16:47
SenseLab
Supporting Agencies
NIH, NIMH, NINDS, NASA, NSF, NLM, NCI, HBP, NIDCD, NIA
いくらぐらい貰ってるのかな?しかもNASAとか交じっているし

194 :名無しさん@5周年:2005/09/29(木) 08:18:39
http://blog.livedoor.jp/y0780121/archives/50016799.html

195 :名無しさん@5周年:2005/09/30(金) 12:31:21
Glaph::presently invalid expression: v(.5)
ていうエラーメッセージがでます
チュートリアルのCで一番最初のテンプレートのコピーです

196 :名無しさん@5周年:2005/10/01(土) 00:48:02
>>195
やっぱりそれだな。
電圧プロットはグラフ開いた段階でアクセスしているコンパートメンの電圧が
デフォルトでプロットされる。
つまり、どこにもアクセスしてないから出るエラー。
>access SThcells[0].soma
この行入れてないのでは?

197 :名無しさん@5周年:2005/10/01(土) 15:57:16
今研究室にいないんで試せないんだけど
どこに入れるの?
教えてくんでごめんよ

198 :名無しさん@5周年:2005/10/02(日) 00:27:04
>>197
コピペし忘れてませんか?ってこと
一々書くまでもないが、プロンプトor"hoc"ファイル内

>教えてくんでごめんよ
別に構わないが、代わりになんでNEURON始めることになったのか聞かせてくれませんか?

199 :名無しさん@5周年:2005/10/04(火) 06:40:05
対windows用、mknrndll簡単使用ツール
使用法:コンパイルしたいmodファイルと同じフォルダに置いてダブルクリック
使用条件:コメントしてってYO
-------------------------------
strdef str
if(unix_mac_pc()==3){
sprint(str, "%s/bin/rxvt -e %s/bin/sh %s/lib/mknrndll.sh %s", neuronhome(), neuronhome(), neuronhome(),neuronhome())
WinExec(str)
quit()
}

200 :名無しさん@5周年:2005/10/05(水) 01:24:27
>>198
教授がNEURONでなんかやれって言ってきた
研究室じゃ誰も知らないんで辛いです

201 :名無しさん@5周年:2005/10/05(水) 02:41:02
>>198
うちの研究室もぼくだけだよぅ(使用歴1年ぐらい)
きっかけは200と同じ感じで辛かったですが、今はちょと楽しいですね
質問の際はよろしくお願いします。

>>199
ソースの意味はわかんないですが、便利ですね。頂きました

202 :名無しさん@5周年:2005/10/05(水) 08:27:26
>>200
誰も知らないことをやれるなんて、ある意味素敵だと思う
辛い気持ちもわからなくはないけど・・・

203 :名無しさん@5周年:2005/10/05(水) 09:19:14
>>202
誰も知らないことをやるのが研究
そこから得られた結果で他人の仕事と矛盾せずにまとめたものが論文
ブレイクスルーはあっても天地はひっくり返らんのだよ
ゆえに驚くべき結果はプログラムのバグってことだな(`・ω・´)

204 :名無しさん@5周年:2005/10/05(水) 15:12:24
ttp://mns.k.u-tokyo.ac.jp/~omori/neuron/neuron.html
なんかあった

205 :名無しさん@5周年:2005/10/05(水) 15:53:44
北島研てところのpdfってどんなっだったのか
知ってる人いないですか?

206 :名無しさん@5周年:2005/10/06(木) 02:59:09
漏れもってる。
内容はT大のU氏のページのパクリ…もといNEURONマニュアルの和訳風

207 :名無しさん@5周年:2005/10/06(木) 15:56:46
intelコンパイラーに対するHines氏のコメント
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=116
Forumでおもしろい記事あったらageてみよー

208 :名無しさん@5周年:2005/10/07(金) 00:33:23
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/rikei/1126630608/MENU
逮捕キター!

209 :名無しさん@5周年:2005/10/07(金) 00:37:50
>>192
NEUROMUSCULAR DISEASE CENTER(のイオンチャンネルのとこ)
http://www.neuro.wustl.edu/neuromuscular/mother/chan.html
サイト大きくて全体は見てませんが、上の部分だけでも教科書引くよりは便利なはず

210 :名無しさん@5周年:2005/10/08(土) 14:49:01
NEURONPM
サーバークライアント方式によるパラメータサーチ by Windowsスクリーンセーバー
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=141

211 :名無しさん@5周年:2005/10/08(土) 15:10:33
>>76
>隣の奴が、GENESISはどうなの、とか言ってるんです。
>そこでまたぶち切れですよ。
その気持ち良くわかる

212 :名無しさん@5周年:2005/10/11(火) 13:24:34
>>204
話のレベルがあれなんで実験屋を対象にシミュレーションの話したってことで…
うち実験とシミュレーション両方やるラボだけど、
ソース書いてあげても(話は聞いてくれるが)使ってくれないなぁ
唯一実用的になってるのはExcelシートの平衡電位計算表ぐらいだな(w

213 :名無しさん@5周年:2005/10/13(木) 14:26:46
http://www.anc.ed.ac.uk/school/neuron
のCのNetConのとこSThcellの2と3は放置してるよね?

214 :名無しさん@5周年:2005/10/14(金) 03:02:45
>>213
>nSThcells = 4
>objectvar SThcells[nSThcells]
nSThcells = 4、だとしたらそうなるが、
そもそも
>SThcells[0].treeA[7] syn[0] = new ExpSyn(0)
treeA[7]と書いてある段階で前出のtemplateとは異なる。
しっかし、マニュアルわかりにくいなこの部分、
テンプレートとnetcon+listの説明を一緒にするから悪いんだYO
netconの練習はコンパーメント2つだけ作ってやった方が良い。

というか君の説明もわかりにくいYO
チュートリアル覚えている訳でないし、見直してレスしてるんですから。

215 :名無しさん@5周年:2005/10/14(金) 03:05:30
>>214
お節介焼いてnetconサンプルソース貼っとく
------------------------------------
create Cell_pre, Cell_post
objref Syn_pre, Syn_post

Cell_post {
insert pas
Syn_post = new ExpSyn(0.5)
}

Cell_pre {
insert hh
threshold = -20
delay = 10
conductance = 100
Syn_pre = new NetCon(&Cell_pre.v(0.5), Syn_post, threshold, delay, conductance)
}


216 :名無しさん@5周年:2005/10/14(金) 20:21:07
>>214
わかりにくくてごめんよ。
もう一つ質問、OSが違うとhocファイルの中身とかも違う?

217 :名無しさん@5周年:2005/10/15(土) 03:07:31
>>216
Macの経験は少ないのが、違いはないはず。
ただしcvode使ってる場合など演算誤差はCPUによって変わるから、
正確に一致するとは言えない。
またLinux版以外はデフォルトで"nrngui.hoc"が読まれないから
hocファイルの先頭には必ずload_file("nrngui.hoc")を書いておくように
大抵、問題があるときは"nrngui.hoc"の読み忘れだったりする

っで、OS何使ってるんですか?
どんな問題が起こってますか?

218 :名無しさん@5周年:2005/10/15(土) 03:08:38
いつの間にかMac classicでNEURONサポートされなくなってる罠

219 :名無しさん@5周年:2005/10/15(土) 03:25:32
Forumネタ
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=21
a=1 や a=-1はOKでもa=+1はエラー…なんだかな
ついでにインクリメントはa++はエラー、a+=1はOKですょ

220 :名無しさん@5周年:2005/10/15(土) 04:00:08
Forumネタ
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=29
内容はアレだけど、netconなしにdualexp使えないのは結構不便ですね。
しかもnetconで使えるdualexp関数exp2syn.modにしたって
非線形でないのに微分方程式で書いてるのですから。(NEURONに速度アップを求めるなと?

221 :名無しさん@5周年:2005/10/15(土) 04:52:23
Forumネタ
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=114
エラー報告は20行以内で…
といか、NEURONのエラー番号って標準のエラーコードのだったのか…気づかなかったorz
(#include <errno.h> or windowsなら C:\nrn\mingw\errno.h)

222 :名無しさん@5周年:2005/10/17(月) 17:37:06
>>217
OSはXPsp2です
DBで落としたhocファイルが動かないんです
ほとんどエラーがでる
NEURONのverが違うからなのか
OSが違うからなのかと考えた次第でござるよ

223 :名無しさん@5周年:2005/10/18(火) 10:55:49
>>222
nrnzipから起動してますか?
自分でコンパイルしてもmosinit.hocから起動しないとダメだよん。
(mosinitでOS別の処理を書くのが通例になってるっぽい)

224 :名無しさん@5周年:2005/10/18(火) 11:03:52
>>222-223
バージョンによって日本語やスペース付きのpathが通らないこともあったかも

225 :名無しさん@5周年:2005/10/18(火) 14:50:49
初歩的な質問で申しわけないのですが
http://www.anc.ed.ac.uk/school/neuron/tutorial/tutA.html
出力はでるのですがの入力のグラフの表示方法がわからないんです
どうか教えてやってください(−_−)

226 :名無しさん@5周年:2005/10/18(火) 16:52:37
>>225
stimの電流を表示したいとのことでしょうか?
objref or objectvarは
Graph>Current_axis>右クリック>Plot_What?
ポップアップから表示(Show)からobject_refs>オブジェクト名
でプロットできます。今の場合はstim.iのことでしょうか?
とにかく最初はいろいろクリックして試してみて下さい。

227 :名無しさん@5周年:2005/10/19(水) 00:04:50
>>226
サポート乙、俺が先に見てたら荒らしてたかもな(藁

228 :名無しさん@5周年:2005/10/19(水) 12:49:31
>>226
ありがとうがざいました
出来ました いろいろ表示できるんですね

229 :名無しさん@5周年:2005/10/20(木) 17:06:35
Forum: ver5.7.159でModelDBのautolaunchができない不具合 for mswin
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=13


230 :名無しさん@5周年:2005/10/20(木) 17:24:49
バージョンアップの更新履歴ってアナウンスされてます?
まさかCVS参照とか言わないですよね?
http://www.neuron.yale.edu/viewcvs-bin/changeset.cgi?moduleid=3&branchid=1&view=branch

231 :名無しさん@5周年:2005/10/20(木) 17:29:57
他のスレ見てて思うのだが


















ニューロサイエンスのレベルは微妙なんだろうね

232 :名無しさん@5周年:2005/10/20(木) 21:41:26
マニュアルこれ完璧じゃん(既出ですけど
http://www.neuron.yale.edu/ftp/ted/book/revisions/
なんでこのリンク、サイトで晒してないのか疑問(フォーラムには部分的には出てくる

>>231
他人のレベルなど気にする必要なし、自分も含めて言ってるなら自慰はヤメレ見苦しいから

233 :名無しさん@5周年:2005/10/20(木) 23:20:41
Forum:NMODLのお話
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=86
Q、n*n*nとn^3の違いについて
A、Probably no difference, or at least not one that matters.(by TED)
>いい加減なコメントだな
Q、TABLEの効果が感じられないのですが
A、some models are maybe 10-20% faster.(by TED)
>>181 maybeこんなもんらしい、C言語で同じこと書いた時もっと速くなった気がしたけど
Q、CVODEの話とかの質問
A、Sorry, I misinterpreted your code. In too much of a hurry to wrap up
preparations for the NEURON course.(by TED)
>もういいです(以後の話も噛み合ってないし

以上TED劇場でした。

234 :名無しさん@5周年:2005/10/21(金) 01:43:06
Forum:pt3dの後のdiamが正しい値ではありません
the most efficient way to ensure that all diam and L have been updated is to just call area(0.5).
>ここはdefine_shape()の方がmost efficientですな(既出>>133
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=117

235 :名無しさん@5周年:2005/10/21(金) 19:13:19
あれれ?MacOSX Panther(10.3)にVer5.8入れても動かなかったYO
(サイトの表記ではTiger(10.4)だし)もしかしてもう非対応?
ソースから入れたらすんなりOKだったので別にいいですけど
(しかもかなり速くなった気が…バージョンの違いの所為かな?
今度win版でコンパイルインストールでの速度差計ってみよおっと

236 :名無しさん@5周年:2005/10/21(金) 19:29:07
シミュレータに振り回されている人は、研究を続けて行くことは難しい
"汝、本業を忘るるなかれ。"

237 :名無しさん@5周年:2005/10/22(土) 05:06:58
hoc: cvode.maxstep
Ver5.8で現在仕様が変更になっている模様
>The default value is 0 and in this case means infinity.
リファレンスの説明は以前のままですが、defaultの0が使用不可になってます。

>>236
すまん、今年で卒業なんだわ。
引き継ぐ後輩いないからここに書いてるんです、苛めないでね。

238 :名無しさん@5周年:2005/10/22(土) 06:04:02
hoc: realtime(実行時間が入る変数)>既出>>128
Ver5.8からミリ秒単位での表現が可能になった
しかし、continuerun()実行時に値がリセットされるように仕様変更(怒

仕様変更によるトラブルも皆さん報告して下さい

239 :名無しさん@5周年:2005/10/22(土) 07:15:06
forum: localなobjectを宣言する方法(localobj宣言)
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=72
TEDさんすべっちゃってますけどそこは無視しして、下の方のソース参照
”String”は標準objectではなくtemplateオブジェクト
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/general/oop.html#begintemplate
結局templeteは使わないといけない訳か…”localstrdef”みたいなのも作ってくれればねぇ

240 :名無しさん@5周年:2005/10/22(土) 07:56:29
hoc: stdrun_quietとscreen_update_invl(双方ともリファレンス未記載
Ver5.8よりRunContorlパネルからquietが無くなって、screen_update_invlが出現
前者は終了後のみにプロットをする(=1)、しない(=0)を決めるフラグ変数
後者はプロットするインターバルを決める変数
stdrun_quietは現在も動作はするようだが、
プロット以外(パネル)のアップデートも阻止される仕様に変わってるし(怒
結局Ver5.8の速度アップの理由はこの影響が大きいということで。

241 :名無しさん@5周年:2005/10/22(土) 08:45:57
>>95
アドレス変更になってたので貼っておきます(アップデートはされていない
http://www.anc.ed.ac.uk/~dcs/progs/neuron/nrnhoc.el
↑emacs系エディタでのhocファイル字下げ設定ファイル。
誰か最新版の差分書いてくれないかな?(と書いてジサクジエンする予定の漏れ

242 :名無しさん@5周年:2005/10/22(土) 10:09:15
>>239
順番が重要です<最低
OK oc>func test(){local x localobj y}
NG oc>func test(){localobj x local y}

243 :名無しさん@5周年:2005/10/22(土) 20:57:29
ソースを研究室の為、後輩の為に公開せよと迫る教授。
渋る漏れ、理由など特にはない、敢えて言うなら皆と仲良くないから
それよりまず先、言い出したあんたがソース公開すべきでは?と思った…が言えやしない。
実の所、近年教授が何をやってるのか良くわからない、
ソースが手に入ればそれもわかるだろうし、
それに…ソースを見れば知識、性格、教授の”心の中”が見えるから…。
以下はこんな状況の中での教授との会話のヒトコマである。

…前略
漏れ「ソース見れば大体そのひとの性格、心の中が見えますしね」
教授「アッハッハ、それは頼もしいな」(馬鹿にしたような笑い
以前のこともあり、ムッとした漏れ。
このとき教授が心の中で何を思い大笑いしたのかは存じませんが、
鼻穴の中はしっかりと見えていたのでした。

追伸、提供する気が全く無いことを御理解頂きたく存じます。

244 :244:2005/10/23(日) 11:52:17
>>241
ttp://www.borujoa.org/upload.php
upload2792.zip

245 :244:2005/10/23(日) 12:01:14
ふぇー疲れたけど勉強になったな。
>>241をベースに
新規関数の追加とオブジェクトの不足分大幅追加。
というか始めてGNUライセンスコピペしたYO
ダウソしてくれた方いましたらカキコしていって下さいね

246 :名無しさん@5周年:2005/10/23(日) 14:20:00
>>244-245
ワラタ、お前みたいなNEURON使いが日本に居たとはな
ロムってるがこれからもガンガレ


247 :名無しさん@5周年:2005/10/23(日) 15:14:38
覚醒剤の売人・覚醒剤に溺れる人達・警察捜査情報横流し・未公開株詐欺の手口・二八商法に騙された人達・・・すべて実話です。
http://blog.livedoor.jp/smc1313522/
人気WEBランキング日記部門ダントツ1位
<一部>Yは、『俺は、綾瀬警察と、中央警察にスパイを置いているからな。情報
は、すぐに入ってくるんだよ。』
と、いっていました。
この後、Yは移動した覚醒剤を、他の暴力団員に売らせています。
その暴力団員も、また、会社の社員です。
私は、この時の出来事を、綾瀬署の捜査の方、捜査課長と高橋さんに
確認しました。
捜査課長は、Yに連絡した刑事がいるという事を知らなかったようでしたが、
高橋さんは、確かに、誰か、Yに連絡した事実はあると、言っていました。
警察は、家宅捜査する前に、前もってYに情報を流していたのです。
<詳細・・覚醒剤を売る人達>

248 :名無しさん@5周年:2005/10/23(日) 17:59:32
>>244-246
暇人がいるもんだな(w
次はNMODLだね、と言ってみるテスト

249 :名無しさん@5周年:2005/10/24(月) 14:32:16
すいませんがまた質問させて下さい
http://www.anc.ed.ac.uk/school/neuron/tutorial/tutD.html
チュートリアルのDなんですがダウンロードしたsthD.hocファイルを
実行すると
syntax error in sthD.hoc near line 30
insert CaT
というエラーが起こります。
これはどうすれば実行できるようになるでしょうか?

250 :名無しさん@5周年:2005/10/24(月) 20:30:40
>>249
249の環境はwindowsだったよね?以下はwindows版について説明です。
inesrtで指定できるものはNMODL言語でSUFFIXで宣言されたもの。
デフォルトの関数で言うならばhhとかpasとか(C:\nrn\src\nrnocの.mod参照)
そこに含まれていないSUFFIXを使う時には自分でmodファイルを記述し、
mknrndllでコンパイルしnrnmech.dllを作成して、
NEURON実行時にそのdllを読み込まなければならない。
(hocファイルを直接実行しNEURONを起動したときは、同一フォルダにある、
nrnmech.dllが自動的に読み込まれる。)
以上、nrnmech.dllが作成されているか、読み込んだかを確認して下さい。

251 :244:2005/10/24(月) 20:45:54
>>246
僕が嘘言ってる時は指摘して下さい、よろしく。

>>248
>次はNMODLだね
いいこと言った!<頼んだ

252 :244:2005/10/24(月) 21:58:43
>244
すいませーん、バグってますた。
nrnhoc.el L:223
×("\\<\\(access\\|forall\\|forsec\\ifsec\\)\\>" , 1)
◯("\\<\\(access\\|forall\\|forsec\\ifsec\\)\\>" . 1)

253 :名無しさん@5周年:2005/10/24(月) 22:30:44
Forum: 表面積の結果がおかしいです。
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=126
>すまん表面積の計算間違ってますたorzというネタ。

254 :名無しさん@5周年:2005/10/24(月) 22:44:04
Forum: mA/cm2 or nA
よく勘違いするところなのでage
NMDOLでSUFFIXで宣言したら電流は単面積割の値(例、mA/cm2)
POINT_PROCESSで宣言したら電流はそのままの値(例、nA)
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=132

255 :名無しさん@5周年:2005/10/24(月) 23:46:00
Forum: distanceの結果が変です。
これもよくある勘違い。distanceは直線距離ではなく道のりです
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=173

>Use access only once in your entire program.
T◯Dの言ってること意味わからん

>>252-254
これら使用者の勘違いだが、解決できない場合
「テメーNEURONバグ出しやがって」と言われたりするオチだったり。

256 :244:2005/10/25(火) 06:01:33
>244
まだ駄目です、ごめんなさい。
nrnhoc.el L:232
×("\\<\\(nseg\\)\\>" . font-lock-variable-name-fac)
◯("\\<\\(nseg\\)\\>" . font-lock-variable-name-face)

257 :名無しさん@5周年:2005/10/25(火) 16:01:34
>>250
分かりやすい説明ありがとう
おかげで出来ました(`・ω・´)
http://www.anc.ed.ac.uk/school/neuronのサイトのチュートリアル
もやっと終わりそうですが次は>>99にある
http://www.neuron.yale.edu/neuron/papers/nc2000/nmodl.htm
をやったほうがいいんでしょうか?
それとも何かお勧めあったら教えて下さい

258 :名無しさん@5周年:2005/10/25(火) 16:17:25
>>257
卒研生ですよね?これ以上、無理にマニュアル読むことはないよ。
マニュアルは必要なの所を見るレベルでいい。

もう少し慣れておくなら、シミュレーションで何をするかによって選択は変わるが、
自作チャンネル追加等考えているならNMDOL必須。
ネットワークやるならnetcon(setpointer+NMDOLでも良い)
をいろいろ自作して試すのが手っ取り早い。
詰まったらまたネタ振ってくれ

259 :名無しさん@5周年:2005/10/27(木) 00:46:12
NEURONソースのmath libraryパス
nrn\src\scopmath
数学関係はdukeなんだね、
yaleばかりで何してるのかな?と思ってたけど

260 :名無しさん@5周年:2005/10/27(木) 09:27:50
知合いの研究室のアドレスがこのスレにあったのでアクセスログを確認してもらったら、
その後の一週間で11大学、1企業、その他14からアクセスがあったそうな。

261 :名無しさん@5周年:2005/10/27(木) 15:46:17
すいませんがまた質問です
lib/hoc/stdrun.hocこのファイル使おうとしたら
a template cannot be redefined in stdrun.hoc near line 5
というメッセージが表示されます
http://www.neuron.yale.edu/ftp/neuron/contrib/obidos_tutorials/
今ここにあるexampleを試しています。exampleの2です。

262 :名無しさん@5周年:2005/10/27(木) 17:27:34
>>261
>a template cannot be redefined in stdrun.hoc near line 5
「テンプレートは再定義できません(stdrun.hocの5行目)」
もし、gui使う為にload_file("nrngui.hoc")してるなら
nrngui.hoc > stdgui.hoc > stdrun.hoc
で既に読み込まれてると思われ

というか「○○というメッセージが表示されます。」で、私にどうしろと?
質問は「○○がしたくて××したのですが、●●のエラーでできません(△△を試したけどムリポ)」
とか、「○○をしたいのですが、そんなデフォルトの関数ありませんか?」
みたいにして下さい、君の努力している姿が全く見えないYO

263 :名無しさん@5周年:2005/10/27(木) 18:04:14
>>260
思ったより人来てるのかココ(w

>>261
ガッツ

264 :名無しさん@5周年:2005/10/27(木) 20:32:03
NMODL:CONSTRUCTOR,DESTRUCTOR
マイナーな関数でマニュアルに記述なし
用法objectとしてのコンストラクタ、デストラクタ(POINT_PROCESSの場合のみ使用可)
-----------------------------------------
NEURON { POINT_PROCESS test }
CONSTRUCTOR { printf("CONSTRUCTOR\n") }
DESTRUCTOR { printf("DESTRUCTER\n") }
-----------------------------------------
objref a
create x
access x
print "call constructor"
a= new test(0.5)
print "call destructor"
objref a

265 :名無しさん@5周年:2005/10/27(木) 21:03:27
>>259
へぇ、yaleとdukeってアメリカでもトップクラスなんだ
http://www.usnews.com/usnews/edu/college/rankings/brief/natudoc/tier1/t1natudoc_brief.php
駅弁な漏れは2chでオナニーがお似合いでつね

266 :名無しさん@5周年:2005/10/28(金) 02:26:40
NMDOL: NetStim
使用変更により>>261の見てるマニュアルの一部動作不能です。
http://www.neuron.yale.edu/viewcvs-bin/viewcvs.cgi/nrn/src/nrnoc/netstim.mod.diff?r1=1.2&r2=1.3
↑externalでyの変わりに使えそうなものが無いので、
以前のソース使って自作関数にするとか対処しないとダメですよぉ。

267 :名無しさん@5周年:2005/10/28(金) 13:21:46
>>262
変な聞き方してすいません。
ありがとうございました。
結局エラーがまた出たので自分で書いてみたらうまくいきました。
今、自分でも何をやればいいのやらって感じなんで
いろいろ動かしてみようと思ってます。

268 :名無しさん@5周年:2005/10/28(金) 23:01:32
NMODL: TABLEのサンプルソース
FROMとTOからの外れ値は終端値に、また間の解は線形補間される。
-----------------------------------------
NEURON { SUFFIX test }
LOCAL x
INITIAL {
 func(x)
 printf("x= %g %g %g %g %g\n",1,2,3,0,4)
 printf("x2= %g %g %g %g %g\n",func(1),func(2),func(3),func(0),func(4))
}
FUNCTION func(x){
 LOCAL x2
 TABLE FROM 0 TO 2 WITH 1
 x2=x^2
 printf("func(%g)=%g\n",x,x2)
 func=x2
}
-----------------------------------------
oc>init()
func(1)=1
func(3)=9
x= 1 2 3 0 4
x2= 1 5 9 1 9

269 :244:2005/10/29(土) 06:04:41
>>248
nrnhoc.el+nrnmod.elの抱き合わせセット
ttp://www.borujoa.org/upload.php
upload2932.zip

270 :244:2005/10/29(土) 06:07:05
>>269
キーワードの参照場所を取り違えた(´・ω・`)ショボーン
nrn/src/modlunit/*とnrn/src/nmodl/*以下参照。
関数名も入ってないし、加筆する方いましたらそこら辺からよろしく

271 :名無しさん@5周年:2005/10/29(土) 18:32:19
ttp://shinjuku.cool.ne.jp/zushonosuke/

272 :名無しさん@5周年:2005/10/29(土) 21:29:32
NMODL
↑おまいらなんて呼んでる?
エヌモデゥル(オンドゥルな感じで)

273 :名無しさん@5周年:2005/10/30(日) 13:49:46
>>272
NMODL
=Neuron MOdel Description Language
=ニモディラ

274 :名無しさん@5周年:2005/10/30(日) 19:35:15
>>273
ワロス、NVIDIAみたいだなw

275 :名無しさん@5周年:2005/10/31(月) 04:03:12
modlunit全然使えない

276 :名無しさん@5周年:2005/10/31(月) 16:35:38
また質問させて下さい
http://www.neuron.yale.edu/ftp/neuron/contrib/obidos_tutorials/
のexampleの4なのですがDGA_Destexhe.modがmknrndll出来ません。

Notice: This mechanism cannot be used with CVODE
Warning: random undefined. (declared within VERBATIM?)
Warning: srandom undefined. (declared within VERBATIM?)

先輩に聞いてみたところ
これってc言語のヘッダがないということらしいんですが
modファイルのmodlunitが動いてくれないのでどうにもわかりません。
randamやsrandamを定義するにはどうすればいいのでしょうか?

277 :名無しさん@5周年:2005/10/31(月) 16:36:58
上のようなエラーが出るということです。
わかりにくくなってしまいすいません。

278 :名無しさん@5周年:2005/10/31(月) 17:18:21
もうちょっと自分で考えます
スレ汚しすいません

279 :名無しさん@5周年:2005/10/31(月) 18:23:32
わかってみると簡単なエラーでした
Translating DGA_Destexhe2.mod into DGA_Destexhe2.c
syntax error:
name FROM number TO number START number
FROM...TO and START are optional, name can be name[integer]
at line 51 in file DGA_Destexhe2.mod
x[MAXCHANNELS](mV)
^
make: *** [DGA_Destexhe2.o] Error 1
新しいエラーです。
とっかかりがつかめません
ヒント下さい

280 :名無しさん@5周年:2005/11/01(火) 00:38:56
>>275
そう?便利だって、nrnivmodl(nmnrndll)のコンパイルエラーも
これで理解できたりもするし、単位合わせ間違ってると後々悲惨な事になるよ。

>>276-279
変に書き換えてませんか?普通にそのままdllは作れます。
>name FROM number TO number START number
>FROM...TO and START are optional, name can be name[integer]
>x[MAXCHANNELS](mV)
コメント後、MAXCHANNELSとINDEPENDENTに問題がある。
それだけは確かだし、これ以上コメントしようが無いし、頼むから書き変えないでくれ。

>先輩に聞いてみたところ
>これってc言語のヘッダがないということらしいんですが
んなことない、というか先輩サポートしてやれよゴルァ、院生の仕事だろ

281 :名無しさん@5周年:2005/11/01(火) 01:31:32
Forum: VERBATIMはC言語であってC++ではない。
それぐらいの対応して欲しい。(VERBATIM使ってないけど
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=215

282 :名無しさん@5周年:2005/11/01(火) 01:55:59
Forum: MODファイルは一行最大512文字まで。
それ以上長い時は改行入れて書くこと(捕捉、Ver5.8ではWindowsでもOK
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=190

283 :名無しさん@5周年:2005/11/01(火) 03:22:22
Forum: mknrndllでエラーです助けて!
>コーディングミスですた。
別にここまではいいとして、
TED>Everybody does that kind of thing.
TED>In fact I just did it yesterday on two separate occasions myself.
ナイスフォーロー…なのか?
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=195

284 :名無しさん@5周年:2005/11/03(木) 03:15:12
いろいろうまくいかないと
投げ出したくなる
今の俺がまさにそう

285 :名無しさん@5周年:2005/11/03(木) 07:19:28
>>284
誰でもそんなものだよ。
実際、僕は昨日やらなきゃいけない2つの事を投げ出したくなったよ。

286 :名無しさん@5周年:2005/11/03(木) 12:24:53
>>285
ナイスフォーロー…なのか?

287 :名無しさん@5周年:2005/11/03(木) 21:46:29
>>284
困ったら他人に相談、これ基本。
自分で解決できるのも能力、他人にうまく相談できるのも能力、おわかり?

288 :名無しさん@5周年:2005/11/04(金) 12:34:51
またまた質問させて下さい
http://www.neuron.yale.edu/ftp/neuron/contrib/obidos_tutorials/
のexampleの9なんですがrecファイルとは何でしょうか?
これを読み込むとISIヒストグラムが出るのは分かるんですが
中身と使いどころがわかりません

289 :名無しさん@5周年:2005/11/04(金) 16:33:52
複素ニューラルネットワークって実数とくらべてなにがいいんですか?


290 :名無しさん@5周年:2005/11/04(金) 19:41:55
>>288
>recファイルとは何でしょうか?
ISIという言葉知っていてその質問でるのはおかしいぞ。
>中身と使いどころがわかりません
統計・確率のお勉強しなされ。

>>258で書いているように、知る必要無いことならソース読むのヤメレ(時間の無駄だから
それがどうしても必要ならそれに関する知識を得えてからソース読んでください。
そしてその知識に関することはNEURONネタじゃないぞ、周りに聞けるひとが居るのでは?

>>289
ニューラルネットはあっちいけ
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/sim/1015733653/l50

291 :名無しさん@5周年:2005/11/04(金) 22:12:15
だんだん荒れて来たな
まぁそんな時期と言えばそうなのだが

292 :名無しさん@5周年:2005/11/05(土) 03:16:01
先輩に、頭悪いくせに熱心でうざい、と言われた。
ただいまやけ酒中。

293 :名無しさん@5周年:2005/11/05(土) 23:43:57
>>292
後輩に言われたんじゃなければいいんじゃねーの。
改善する気があるなら、先輩の年齢までに直せばいいこった。

>>291
手の空いている院生でサポート態勢
最近の子はなかなか質問してこないからとにかく絡むべし。
プログラム苦手な子にはテンプレ提供、ほどよい達成感与えて投げないように制御。
(だって土壇場で尻拭いさせられるの漏れたち院生じゃん、早期対策・早期解決で

294 :名無しさん@5周年:2005/11/08(火) 05:42:02
CVAPPの話って触れてなかったんだな。
http://www.compneuro.org/CDROM/docs/cvapp.html
…説明しようと思ったけど、面倒だからやめた。
jar配ってるのにmanifestなんで作ってないの?意味わからんしむかつく。

295 :名無しさん@5周年:2005/11/10(木) 15:41:32
そういえばhocって何でしょうか?
馬鹿な質問だったらごめんなさい

296 :名無しさん@5周年:2005/11/10(木) 18:02:58
自己解決しました
high order calculator
でhocなんですね

297 :名無しさん@5周年:2005/11/11(金) 10:31:48
誘われたって、逝きたくないわよ、SFN(字余り

>>296
一応>>76で既出

298 :名無しさん@5周年:2005/11/15(火) 07:17:03
Forum: windows用のhoc、modエディター
>MS-Wordでコーディング(w
僕はwindowsでMeadow(http://www.meadowy.org/meadow/)使いでつ

299 :名無しさん@5周年:2005/11/15(火) 07:22:57
>>298
https://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=148

300 :名無しさん@5周年:2005/11/15(火) 15:13:19
modlunitが使えない場合は皆さんどうしてるんでしょうか

301 :名無しさん@5周年:2005/11/16(水) 00:15:30
>>300
使えないとはどういう状態?エラー?

302 :名無しさん@5周年:2005/11/17(木) 13:40:38
>>301
エラーを返さないんですが
moddllを読み込む時に
oc>loading membrane mechanisms from ./123456/nrnmech.dll
Undefined symbol _random referenced from ./123456/nrnmech.dll
Undefined symbol _srandom referenced from ./123456/nrnmech.dll
Undefined symbol _exit referenced from ./123456/nrnmech.dll
というエラーが出るとです


303 :名無しさん@5周年:2005/11/18(金) 12:25:52
>>302
modlunitはmodファイルのチェックプログラム
moddllを読むのではないぜよ

304 :名無しさん@5周年:2005/11/22(火) 04:42:22
>>210
やっとこさ.NET Framework 2.0正式版公開
で、使ってる香具師いる?

305 :名無しさん@5周年:2005/11/24(木) 03:27:31
ペタッとな
CellDesigner(modeling tool of biochemical networks)
http://www.systems-biology.org/index.html
日本製2003年より現在もアクティブ
データベースとの連係も良さそうで生き残れるのではないか、と。
外見はworkbenchなcatacomb風
http://askja.bu.edu/catacomb/unstable/

306 :名無しさん@5周年:2005/11/24(木) 03:44:15
>>305
で、そのシミュレータのサポート言語がSBMLで
モデルデータベースはhttp://www.ebi.ac.uk/biomodels/
ぉ便利っぽ

307 :名無しさん@5周年:2005/11/24(木) 06:13:13
>>305-306
SBMLがRFCになっててチョビッタ
http://rfc-jp.nic.ad.jp/cgi-bin/direct.cgi?keyword=3823&language=eng&x=16&y=11

308 :名無しさん@5周年:2005/11/29(火) 19:52:22
>>305-307
それを出すならcellMLだってあるじゃない?
http://www.cellml.org/examples/repository/index.html
でもこーゆーDBって好きじゃないな、paperのシミュがパパパっと再現できるNEURON萌。
つーかNEURON,GENESIS共有DBツールneuroML+channelDBとか氏んでるしなー
…GENESISも氏んでると思うけどな。

309 :名無しさん@5周年:2005/12/01(木) 01:18:58
The NEURON Book
NEURONの純正なテキスト(Nicholas T. Carnevale & Michael L. Hines)
http://www.cambridge.org/us/catalogue/catalogue.asp?isbn=0521843219

310 :名無しさん@5周年:2005/12/09(金) 06:07:18
hoc: regular expression(正規表現)
is系コマンドの正規表現の書式
しかし、ismembraneとかforsecとかの表現の仕方はまた別で統一性がない。
マニュアルに出てくるregexp(正規表現)の説明はたぶんここかな?
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/refman/nrnoc.html

*(アスタリスク)はワイルドカードじゃないんだよ

311 :名無しさん@5周年:2005/12/17(土) 13:34:51
hoc: ファイルオープン関数 load_fileとxopen
xopen("filename")は読み直しオープン
load_file("filename")は一度だけオープン
でも引数加えてload_file(1,"filename")は読み直しオープン
http://www.neuron.yale.edu/neuron/docs/help/neuron/general/function/ocfunc.html#load_file

312 :名無しさん@5周年:2005/12/20(火) 02:04:13
L-neuronのデータベースにswcがいっぱい落ちてたYO
http://krasnow.gmu.edu/L-Neuron/L-Neuron/database/index.html

313 :名無しさん@5周年:2006/01/14(土) 02:12:43
http://www.ncbs.res.in/~bhalla/kkit/
へぇGENESIS単体の更新はしてなくてもツールは進化してるんだな

314 :名無しさん@5周年:2006/01/27(金) 03:22:12
314get

315 :名無しさん@5周年:2006/02/07(火) 01:18:39
sunへのインストール問題
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?t=105

setenv CFLAGS "-g"
setenv CXXFLAGS "-g"
setenv LD_LIBRARY_PATH "${HOME}/neuron/nrn/hostcpu/lib"
で回避できたけど、コンパイラの最適化無しなのねぇ

316 :超久しぶりに(=1):2006/02/25(土) 02:36:09
まだやってるのか、このスレ!

ひさしぶりに見にきても
続いてたりすると、なんか嬉しいな。

317 :結構自作自演してきた人:2006/03/02(木) 17:52:23
>>316
そろそろ引退なのでこれ以上スレ伸ばせんです。
9割程自作自演で頑張りましたが、もりあがらなかったですねぇ
漏れも後からこのスレみて懐かしくなったりするんかな?
いや、逆に香ばしいレスに胸キュンするかもわからんね

318 :名無しさん@5周年:2006/03/17(金) 10:51:06
neurolucidaのバイナリファイルって読めないの?

319 :名無しさん@5周年:2006/03/20(月) 06:00:33
>>318
http://www.neuron.yale.edu/phpBB2/viewtopic.php?p=754


320 :名無しさん@5周年:2006/04/11(火) 05:18:08
gcc4.0でガツガツオプションつけてコンパイルしたら結構速くなった
おまいら-ffast-mathオプションはアリだと思いますか?

321 :名無しさん@5周年:2006/04/18(火) 01:47:09
ほらよ>>320
http://www.amd.com/us-en/assets/content_type/white_papers_and_tech_docs/32035.pdf

322 :名無しさん@5周年:2006/04/18(火) 06:52:36
>>320
坊やにはまだ早いかもしれんがね
http://www.intel.com/software/products/compilers/techtopics/compiler_optimization.pdf

323 :名無しさん@5周年:2006/04/19(水) 00:36:17
ライセンス表記
iv=http://www.neuron.yale.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/iv/Copyright
nrn=http://www.neuron.yale.edu/viewcvs-bin/viewcvs.cgi/nrn/Copyright

324 :名無しさん@5周年:2006/04/23(日) 00:48:17
リンク集など
http://home.earthlink.net/~perlewitz/index.html

325 :名無しさん@5周年:2006/06/01(木) 00:32:54
ho

326 :名無しさん@5周年:2006/06/28(水) 00:09:45
ネットワークドライブ(Windows共有)へのディレクトリ削除
ホストがwinだとsystem("rm -r dirname")でOK
ホストがsambaで同じコマンド使うと
「rm: cannot remove directory `dirname': Directory not empty」
でエラー

なんぞ?

327 :名無しさん@5周年:2006/07/04(火) 02:16:27
>>326
cgwinの問題じゃねーの?

328 :名無しさん@5周年:2006/09/07(木) 00:23:33
ho

329 :名無しさん@5周年:2006/10/24(火) 10:24:32
Poiraziさんのここら辺がうんこくさい

FUNCTION ghk(v(mV), ci(mM), co(mM)) (mV) {
LOCAL nu,f
f = KTF(celsius)/2
nu = v/f
ghk=-f*(1. - (ci/co)*exp(nu))*efun(nu)
}

FUNCTION KTF(celsius (degC)) (mV) { : temperature-dependent adjustment factor
KTF = ((25./293.15)*(celsius + 273.15))
}

FUNCTION efun(z) {
if (fabs(z) < 1e-4) {
efun = 1 - z/2
}else{
efun = z/(exp(z) - 1)
}
}

http://senselab.med.yale.edu/SenseLab/ModelDB/ShowModel.asp?model=20212&file=\CA1_multi\mechanism\cal.mod


330 :1です。:2006/11/10(金) 01:50:55
まだ、あったのかー。
すごいな。このスレ。

懐かしすぎる。

ちなみに、

今日は会社で殺したいほどムカツク奴が現れました。
というから前からいたんだけど、
そいつは俺の事が恐らく嫌いなんだろう。

というか、俺もあいつ嫌いです。何せぶっ殺したいんで。



というくらいな現状です。

ぁー、学生時代が懐かしい。
たしかに苦悩の日々だったけど、今みたいに人間関係での苦悩に比べれば
楽だったかもしれんな。

331 :名無しさん@5周年:2006/12/15(金) 23:43:34
>>330
カンバ、1000踏むまではムショに入るなよ

332 :名無しさん@5周年:2007/02/17(土) 02:09:31
printf("%c",7)でベルが使えた喜び

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